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lm-004453 · 2026-10

AI 原生觀測:從儀器資料到科學投影

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AI 原生觀測:從儀器資料到科學投影

從被動量測、單儀器介面與人工檢視走向可追溯、可逆、主動式的多模態科學觀測系統

English Title: AI-Native Observation: From Instrument Data to Reversible Scientific Projection

Series: ANCSI — AI-Native Computational and Scientific Infrastructure
Paper: ANCSI-08
Version: v0.1
Date: 2026-09-23
Type: 公開命題/工程猜想論文(Public Proposition / Engineering Conjecture Paper)

作者: Neo.K
機構: EveMissLab/一言諾科技有限公司


摘要

現代高階科研早已大量脫離「研究者以肉眼直接觀察自然」的模式。電子顯微鏡、同步輻射、原子力顯微鏡、光譜、斷層掃描、粒子探測器、熱影像與多種大型科學儀器,實際上都是將物理現象轉換成數位訊號,再經校準、重建、濾波、統計與視覺化後呈現給研究者。2026 年的 smart microscopy、agentic electron microscopy 與 agentic X-ray scientist 研究已進一步顯示,AI 不只可以分析儀器資料,也可以根據即時觀測結果決定下一個 acquisition action,使「觀測」開始由被動量測轉化為主動式閉迴路科學行為。

本文提出 ANCSI 的第八個核心命題:未來 AI 原生計算—科研基礎設施應建立一個 AI-Native Observation Stack(AI 原生觀測堆疊),將原始量測、時間同步、校準、重建、跨模態配準、AI 推論、不確定性、主動觀測決策與人類科學投影分成明確不同的層。人類不必直接操作或逐一檢視每一種儀器介面,而可以透過 AI 生成的多尺度、多模態 scientific projection 探索整個研究世界;但該 projection 不得取代 raw evidence,且必須能夠由任何高階結論逐層回溯到原始 measurement、instrument state、calibration、transformation、model version 與 observation policy。

本文進一步提出 Reversible Scientific Projection、Evidence Ladder、Observation Provenance Graph、Active Observation Policy、Epistemic Layer Separation、Cross-Scale Scientific Field、Counterfactual Re-Observation、Scientific Drill-Down、Uncertainty Surface 與 Observation Budget 等概念。其核心原則是:AI 可以決定「下一步看哪裡」,但不能把自己的重建或推論偷偷偽裝成「儀器本來就看到了什麼」。

2026 年 Nature Computational Science 的評論直接主張,自主科學的可信任基礎不是要求完全看懂模型內部,而是保存完整、可重新開啟、可稽核、可修正的 provenance;同年的 self-driving laboratory 綜述亦將 provenance-complete experimentation 列為該領域下一階段的三大核心要求之一。本文據此將 provenance 從研究結束後的附加紀錄提升為觀測系統本體的一部分。

關鍵詞: AI-native observation、scientific projection、provenance、smart microscopy、active acquisition、multimodal science、scientific visualization、adaptive measurement、autonomous science、epistemic traceability


1. 問題:科學家今天真正「看到」的是什麼?

在人類早期科學中,觀察經常近似:

phenomenon→human senses.\text{phenomenon} \rightarrow \text{human senses}.

例如:

  • 直接觀察天體;
  • 直接閱讀刻度;
  • 肉眼看顯微鏡;
  • 直接看化學反應;
  • 聽聲音;
  • 觸摸樣本。

但現代高階科研越來越常是:

phenomenon→instrument→digital signal→processing→representation→human.\boxed{ \text{phenomenon} \rightarrow \text{instrument} \rightarrow \text{digital signal} \rightarrow \text{processing} \rightarrow \text{representation} \rightarrow \text{human}. }

研究者看到的往往不是物理世界本身,而是:

  • detector counts;
  • reconstructed image;
  • false-color map;
  • filtered spectrum;
  • segmented volume;
  • phase map;
  • model-derived field;
  • statistical summary。

因此:

scientific observation has long been technologically mediated.\boxed{ \text{scientific observation has long been technologically mediated}. }

AI 並不是第一次介入「人與自然之間」。

真正新的地方是:

AI 開始介入 acquisition、selection、reconstruction、interpretation 與下一步觀測決策本身。


2. 從被動儀器到主動式觀測

傳統數位儀器可以表示成:

X=M(W;θ),X = \mathcal{M}(W;\theta),

其中:

W=world state,W = \text{world state}, M=measurement process,\mathcal{M} = \text{measurement process}, θ=instrument settings,\theta = \text{instrument settings}, X=measurement.X = \text{measurement}.

研究者設定:

θ,\theta,

取得:

X.X.

AI 原生觀測則讓:

θt+1=π(X≤t,Ht,Gt),\theta_{t+1} = \pi( X_{\le t}, H_t, G_t ),

其中:

Ht=current scientific hypothesis / model,H_t = \text{current scientific hypothesis / model}, Gt=scientific goal.G_t = \text{scientific goal}.

所以:

observation becomes a policy.\boxed{ \text{observation becomes a policy}. }

不是單次讀值。


3. Smart Microscopy 已經證明這條路徑開始存在

2026 年 npj Imaging 的 smart microscopy 綜述將 smart microscope 定義為:

real-time analysis+feedback control+automated actuation.\boxed{ \text{real-time analysis} + \text{feedback control} + \text{automated actuation}. }

這類系統能根據樣品即時資訊調整 acquisition settings,在:

  • resolution;
  • speed;
  • phototoxicity;
  • sample health;

之間動態取捨 [1]。

這代表儀器不再只是:

record everything at fixed policy.\text{record everything at fixed policy}.

而是:

observe selectively according to what has already been observed.\boxed{ \text{observe selectively according to what has already been observed}. }

這正是 AI-Native Observation 的第一個現實基礎。


4. 「Thinking Microscope」把推理推進儀器閉環

2026 年 npj Computational Materials 的評論提出「thinking microscopes」概念,討論 agentic AI 如何參與:

  • experiment design;
  • iterative closed-loop experimentation;
  • real-time scientific discovery;

並使電子顯微鏡從 passive characterization tool 逐步成為能協助推理與重新設計實驗的系統 [2]。

這個轉變可以寫成:

Instrument:M\text{Instrument} : \mathcal{M}

轉成:

Instrument-Agent:(M,π,H).\text{Instrument-Agent} : (\mathcal{M},\pi,H).

即儀器系統同時具有:

  • measurement operator;
  • observation policy;
  • scientific state。

這並不意味儀器「擁有真理」。

而是:

measurement selection becomes computationally intelligent.\boxed{ \text{measurement selection becomes computationally intelligent}. }

5. Agentic X-ray Scientist 已開始直接操作大型科學儀器

2026 年 Nature Machine Intelligence 發表的 agentic X-ray scientist 展示 LLM-driven agent 在同步輻射 beamline 上自主進行 X-ray sample alignment,包括:

  • planning actions;
  • executing instrument commands;
  • interpreting observations;
  • iterating toward experimental goals [3]。

這件事的重要性不只在於:

AI 會用儀器。

真正重要的是:

instrument action↔observation↔reasoning\boxed{ \text{instrument action} \leftrightarrow \text{observation} \leftrightarrow \text{reasoning} }

開始形成閉環。

因此未來大型科研設施的 observation stack 必須記錄的不只是:

Xt.X_t.

還要記錄:

πt\pi_t

即:

為什麼這一次要量這裡?


6. 觀測選擇本身就是科學證據的一部分

假設 AI 在 10001000 個位置中選:

x37x_{37}

進行高解析度掃描。

最後發現重大異常。

若只保存:

X(x37),X(x_{37}),

卻不知道:

為什麼沒有掃另外 999999 個位置?

那麼 selection bias 無法重建。

因此 observation event 應該寫成:

Et=(St,Πt,at,Xt,Ut).E_t = ( S_t, \Pi_t, a_t, X_t, U_t ).

其中:

St=pre-observation state,S_t = \text{pre-observation state}, Πt=observation policy,\Pi_t = \text{observation policy}, at=selected acquisition action,a_t = \text{selected acquisition action}, Xt=measurement,X_t = \text{measurement}, Ut=uncertainty.U_t = \text{uncertainty}.

所以:

what was not measured can matter epistemically.\boxed{ \text{what was not measured can matter epistemically}. }

7. AI 原生觀測的核心不是「AI 看圖」

如果只做:

image→classifier,\text{image} \rightarrow \text{classifier},

這仍然只是普通 AI analysis。

AI-Native Observation 至少包括:

Sensing+Calibration+Reconstruction+Fusion+Inference+Selection+Projection+Provenance.\boxed{ \text{Sensing} + \text{Calibration} + \text{Reconstruction} + \text{Fusion} + \text{Inference} + \text{Selection} + \text{Projection} + \text{Provenance}. }

任何一層缺失,都可能讓高階科學解釋難以追查。


8. AI-Native Observation Stack

本文提出八層觀測堆疊:

O={O0,O1,…,O7}.\mathcal{O} = \{ O_0,O_1,\ldots,O_7 \}.

8.1 O0O_0 — Physical World

真實世界狀態:

W(t).W(t).

這是科學想理解的對象。

但研究者通常無法直接完整取得:

W.W.

8.2 O1O_1 — Raw Sensor Signal

包括:

  • detector counts;
  • voltage;
  • current;
  • photon events;
  • raw frames;
  • waveform;
  • timing pulse;
  • force signal;
  • unprocessed spectrum。

表示為:

Xraw.X_{\mathrm{raw}}.

原則:

Xraw should remain immutable whenever technically feasible.\boxed{ X_{\mathrm{raw}} \text{ should remain immutable whenever technically feasible}. }

8.3 O2O_2 — Calibration Layer

原始訊號需要:

C.C.

例如:

  • dark correction;
  • flat-field;
  • detector gain;
  • lens distortion;
  • coordinate calibration;
  • energy calibration;
  • temporal calibration。

因此:

XC=fC(Xraw;C).X_C = f_C( X_{\mathrm{raw}}; C ).

8.4 O3O_3 — Reconstruction Layer

某些儀器無法直接形成研究者所理解的空間。

例如:

  • CT;
  • diffraction;
  • tomography;
  • phase retrieval;
  • inverse problems。

因此:

XR=fR(XC;θR).X_R = f_R( X_C; \theta_R ).

注意:

XRX_R

不是 raw data。

它是:

model-mediated reconstruction.\boxed{ \text{model-mediated reconstruction}. }

8.5 O4O_4 — Multimodal Registration and Fusion

不同 instrument:

X(1),X(2),…,X(n)X^{(1)}, X^{(2)},\ldots,X^{(n)}

可能對應:

  • optical;
  • SEM;
  • TEM;
  • AFM;
  • spectroscopy;
  • thermal;
  • magnetic;
  • electrical;
  • acoustic。

需要:

Rij\mathcal{R}_{ij}

進行 coordinate / time alignment。

形成:

XF=F(X(1),…,X(n)).X_F = \mathcal{F} ( X^{(1)},\ldots,X^{(n)} ).

8.6 O5O_5 — AI Interpretation Layer

AI 可以推論:

H=fAI(XF).H = f_{\mathrm{AI}}(X_F).

例如:

  • defect probability;
  • phase classification;
  • anomaly;
  • causal candidate;
  • next experiment value;
  • semantic label。

這一層必須清楚標記:

inference≠measurement.\boxed{ \text{inference} \neq \text{measurement}. }

8.7 O6O_6 — Scientific Projection Layer

將大量 scientific state 投影為人類可探索的表示:

RH=g(XF,H,U,GH).R_H = g( X_F, H, U, G_H ).

其中:

GH=human query / scientific task.G_H = \text{human query / scientific task}.

表示形式可能包括:

  • 3D field;
  • timeline;
  • graph;
  • interactive microscopy;
  • anomaly overlay;
  • uncertainty surface;
  • causal map;
  • hypothesis comparison。

8.8 O7O_7 — Human Scientific Interaction

人類可以:

  • drill down;
  • compare hypotheses;
  • request raw data;
  • change projection;
  • ask counterfactual;
  • request re-observation;
  • override observation priority。

因此:

human is not removed from observation; human interaction moves upward in abstraction.\boxed{ \text{human is not removed from observation; human interaction moves upward in abstraction}. }

9. Epistemic Layer Separation

本文提出:

Epistemic Layer Separation\boxed{ \text{Epistemic Layer Separation} }

即所有 science-facing information 必須標示它位於哪一層。

例如:

Measurement

M.M.

Reconstruction

R.R.

Derived Quantity

D.D.

AI Inference

I.I.

Hypothesis

H.H.

Human / AI Projection

P.P.

不得將:

II

偽裝為:

M.M.

這看似簡單,但在生成式 AI 介面中尤其重要。


10. 「AI 看到了」是一句危險的話

假設 AI 說:

我看到這裡有裂縫。

可能實際是:

Xraw→denoise→super-resolution→segmentation→classifier.X_{\mathrm{raw}} \rightarrow \text{denoise} \rightarrow \text{super-resolution} \rightarrow \text{segmentation} \rightarrow \text{classifier}.

其中任何一步都可能改變表示。

更精確的語言應該是:

在 model MM 、processing chain PP 下,此區域被判定為裂縫的 posterior probability 為 0.930.93。

因此系統應優先呈現:

measurement statement\boxed{ \text{measurement statement} }

與:

inference statement\boxed{ \text{inference statement} }

的差異。


11. Reversible Scientific Projection

本文提出:

Reversible Scientific Projection\boxed{ \text{Reversible Scientific Projection} }

這裡的 reversible 並不是數學上的完全雙射。

它的意思是:

任何高階視覺化、AI 摘要或科學結論,都必須能沿 provenance path 回到支撐它的較低層資料。

例如:

Phuman→HAI→XF→XR→XC→Xraw.P_{\mathrm{human}} \rightarrow H_{\mathrm{AI}} \rightarrow X_F \rightarrow X_R \rightarrow X_C \rightarrow X_{\mathrm{raw}}.

每個箭頭都保留:

  • transformation;
  • parameter;
  • version;
  • timestamp;
  • uncertainty。

因此:

projection is compressive but traceable.\boxed{ \text{projection is compressive but traceable}. }

12. Evidence Ladder

本文提出:

Evidence Ladder\boxed{ \text{Evidence Ladder} }

作為使用者介面與科研紀錄共同結構。

例如:

Level 5

材料 A 出現新的局部相變候選。

Level 4

AI hypothesis comparison。

Level 3

multimodal fused field。

Level 2

reconstructed microscopy / spectroscopy。

Level 1

calibrated measurements。

Level 0

raw detector data。

使用者可以:

L5→L4→⋯→L0.L_5 \rightarrow L_4 \rightarrow \cdots \rightarrow L_0.

所以:

abstraction never destroys access to evidence.\boxed{ \text{abstraction never destroys access to evidence}. }

13. Provenance 不是 Metadata 附件,而是觀測本身

2026 年 Nature Computational Science 的評論指出,自主科學可信任的核心不是必須完全看懂模型內部,而是完整、可重新開啟、可 audit、可 correction 的 provenance [4]。

同年的 SDL 綜述更將:

provenance-complete experimentation\boxed{ \text{provenance-complete experimentation} }

列為未來 self-driving laboratory 與:

  • scalability;
  • generalizability;

並列的核心要求 [5]。

因此 ANCSI-08 採用更強命題:

an observation without provenance is an incomplete observation.\boxed{ \text{an observation without provenance is an incomplete observation}. }

14. Observation Provenance Graph

本文提出:

GO=(VO,EO)\boxed{ \mathcal{G}_O = (V_O,E_O) }

其中節點包括:

  • instrument;
  • raw file;
  • calibration;
  • reconstruction;
  • transformation;
  • AI model;
  • inference;
  • human projection;
  • observation decision。

例如:

X0→C1→R2→F3→I4→P5.X_0 \rightarrow C_1 \rightarrow R_2 \rightarrow F_3 \rightarrow I_4 \rightarrow P_5.

若某結論:

HjH_j

由多個來源支持:

Xa,Xb,Xc,X_a,X_b,X_c,

則:

GO\mathcal{G}_O

呈現多源關係。

這比單一 linear log 更接近真實科研推理。


15. Provenance Graph 也應記錄「誰要求量」

觀測 provenance 不只包含資料 processing。

還應記錄:

Qt=observation request.Q_t = \text{observation request}.

來源可能是:

{human,AI planner,anomaly detector,safety system}.\{ \text{human}, \text{AI planner}, \text{anomaly detector}, \text{safety system} \}.

所以每次 measurement 都回答:

誰/什麼要求取得這筆資料?

這對自主科研尤其重要。


16. 主動觀測是一種有限資源配置

儀器時間有限:

Tinstrument<∞.T_{\mathrm{instrument}}<\infty.

beam time 有限:

Tbeam<∞.T_{\mathrm{beam}}<\infty.

sample damage budget 有限:

Dsample<∞.D_{\mathrm{sample}}<\infty.

資料量也有限:

Bdata<∞.B_{\mathrm{data}}<\infty.

所以 AI 必須決定:

a∗=argmax⁡aV(a).a^\ast = \operatorname*{argmax}_a V(a).

這個:

V(a)V(a)

可以是:

  • information gain;
  • hypothesis discrimination;
  • anomaly probability;
  • scientific priority。

因此觀測本身就是 resource scheduling。


17. Observation Budget

本文提出:

BO=Observation Budget.\boxed{ B_O = \text{Observation Budget}. }

它可以包含:

BO=(T,E,D,C,R).B_O = ( T, E, D, C, R ).

其中:

T=instrument time,T = \text{instrument time}, E=energy,E = \text{energy}, D=sample damage budget,D = \text{sample damage budget}, C=compute / data cost,C = \text{compute / data cost}, R=risk.R = \text{risk}.

AI 不能無限地「多看一點」。

因為高解析 measurement 本身可能:

  • damage sample;
  • consume beam time;
  • produce petabytes;
  • block other experiments。

18. Active Observation Policy

對候選觀測 action:

ai,a_i,

可計算:

V(ai)=αIgain+βHdiscriminate+γAnovel−λCobs.V(a_i) = \alpha I_{\mathrm{gain}} + \beta H_{\mathrm{discriminate}} + \gamma A_{\mathrm{novel}} - \lambda C_{\mathrm{obs}}.

其中:

Igain=expected information gain,I_{\mathrm{gain}} = \text{expected information gain}, Hdiscriminate=hypothesis discrimination value,H_{\mathrm{discriminate}} = \text{hypothesis discrimination value}, Anovel=novelty / anomaly value,A_{\mathrm{novel}} = \text{novelty / anomaly value}, Cobs=observation cost.C_{\mathrm{obs}} = \text{observation cost}.

然後:

a∗=argmax⁡iV(ai).a^\ast = \operatorname*{argmax}_i V(a_i).

這把:

看哪裡?

正式變成科學決策。


19. 觀測策略可能製造 Sampling Bias

如果 AI 只選:

P(interesting)↑P(\text{interesting})\uparrow

的區域觀察,資料分布會逐漸偏離自然母體。

因此:

pobserved(x)≠pworld(x).p_{\mathrm{observed}}(x) \neq p_{\mathrm{world}}(x).

所以 active observation 必須保存:

π(a∣S).\pi(a|S).

否則後續統計分析可能誤以為:

XobservedX_{\mathrm{observed}}

是隨機樣本。

這是 AI-native science 一個非常重要的 epistemic risk。


20. Exploration 與 Exploitation

AI 觀測策略也面臨:

exploration-exploitation tradeoff.\boxed{ \text{exploration-exploitation tradeoff}. }

若只 exploitation:

known interesting region\text{known interesting region}

會被重複觀察。

但未知區域可能永遠沒被看見。

若只 exploration:

儀器資源又可能被浪費。

因此:

π∗=π(Igain,U,C,G).\pi^\ast = \pi( I_{\mathrm{gain}}, U, C, G ).

這與 active learning、Bayesian optimization 等方法具有直接連續性。


21. Negative Observation 也是證據

如果 AI 掃描某區域:

X=nothing unusual.X = \text{nothing unusual}.

這仍然是:

scientific evidence.\boxed{ \text{scientific evidence}. }

尤其如果:

HH

預測應該存在訊號。

因此 observation system 不應只保存:

AI 找到了什麼。

還要保存:

where it looked and found nothing.\boxed{ \text{where it looked and found nothing}. }

2026 年 thinking microscopes 相關評論也特別主張保存與發佈 negative experimental results 對 agentic scientific systems 的發展很重要 [2]。


22. Multi-Modal Scientific Fusion

假設同一 sample 同時有:

XO=optical,X_O = \text{optical}, XE=electron microscopy,X_E = \text{electron microscopy}, XA=AFM,X_A = \text{AFM}, XS=spectroscopy,X_S = \text{spectroscopy}, XT=thermal.X_T = \text{thermal}.

人類目前常透過不同軟體手動對照。

AI-native stack 可以先建立:

Cshared\boxed{ \mathcal{C}_{\mathrm{shared}} }

即 shared coordinate / object space。

然後:

Xi→RiCshared.X_i \xrightarrow{\mathcal{R}_i} \mathcal{C}_{\mathrm{shared}}.

23. Fusion 不等於把圖疊在一起

真正 multimodal fusion 需要知道:

  • spatial resolution;
  • temporal resolution;
  • field of view;
  • coordinate uncertainty;
  • instrument distortion;
  • measurement semantics。

例如:

1 pixelSEM1\ \mathrm{pixel}_{\mathrm{SEM}}

不等於:

1 pixelthermal.1\ \mathrm{pixel}_{\mathrm{thermal}}.

因此每一個 mapping:

Ri\mathcal{R}_i

需要 uncertainty:

URi.U_{\mathcal{R}_i}.

24. Common Scientific Coordinate Layer

本文提出:

CS=Common Scientific Coordinate Layer.\boxed{ \mathcal{C}_{S} = \text{Common Scientific Coordinate Layer}. }

它可能同時包含:

(x,y,z,t,λ,E,B,…).(x,y,z,t,\lambda,E,B,\ldots).

不只是普通:

(x,y,z).(x,y,z).

例如:

  • spatial coordinate;
  • time;
  • wavelength;
  • particle energy;
  • magnetic field;
  • sample state。

這讓 AI 能跨儀器問:

同一位置、同一時刻、不同 modality 發生了什麼?


25. Cross-Scale Scientific Field

Machine-native scientific facility 具有:

Omacro,O_{\mathrm{macro}}, Omeso,O_{\mathrm{meso}}, Omicro.O_{\mathrm{micro}}.

因此可以建立:

Φ(x,t,s)\boxed{ \Phi( \mathbf{x}, t, s ) }

其中:

s=scale.s = \text{scale}.

例如:

  • building vibration;
  • instrument vibration;
  • nanoscale defect。

AI 可以找:

macro event→micro anomaly\text{macro event} \rightarrow \text{micro anomaly}

的時間相關性。


26. 科研觀測與設施觀測可以合併,但必須保持語意區分

例如:

Xfacility=pump vibration.X_{\mathrm{facility}} = \text{pump vibration}.

與:

Xscience=sample diffraction.X_{\mathrm{science}} = \text{sample diffraction}.

兩者都可能進入同一時序資料平台。

但語意上:

facility telemetry≠scientific measurement.\boxed{ \text{facility telemetry} \neq \text{scientific measurement}. }

否則:

  • maintenance signal;
  • experiment evidence;

可能被混為一談。

所以 Evidence Bus 需要 typed data。


27. Typed Observation

每筆 observation:

oio_i

具有:

type(oi)∈{scientific,calibration,facility,safety,derived,inference}.\mathrm{type}(o_i) \in \{ \text{scientific}, \text{calibration}, \text{facility}, \text{safety}, \text{derived}, \text{inference} \}.

這使 AI 不會把:

AI-estimated temperature\text{AI-estimated temperature}

與:

thermometer reading\text{thermometer reading}

視為同一證據類型。


28. Instrument State 是 Measurement 的一部分

同一 raw signal:

XX

在不同 instrument state:

SIS_I

可能代表不同意思。

因此 observation 應是:

O=(X,SI).O = ( X, S_I ).

SIS_I 可以包括:

  • lens setting;
  • gain;
  • detector temperature;
  • beam current;
  • stage position;
  • calibration version;
  • firmware;
  • environmental state。

所以:

data without instrument state may be scientifically incomplete.\boxed{ \text{data without instrument state may be scientifically incomplete}. }

29. Calibration 應該可以被時間追蹤

Calibration:

C(t)C(t)

本身可能 drift。

因此 measurement:

X(t1)X(t_1)

不能自動使用:

C(t2)C(t_2)

如果:

t2≫t1.t_2\gg t_1.

所以:

calibration is time-indexed evidence.\boxed{ \text{calibration is time-indexed evidence}. }

每筆資料應綁定:

Cid.C_{\mathrm{id}}.

30. Model Version 同樣是科學條件

AI inference:

H=fMv(X).H = f_{M_v}(X).

若模型:

Mv→Mv+1,M_v \rightarrow M_{v+1},

相同資料可能得到不同:

H.H.

所以 provenance 必須記錄:

Mv.M_v.

未來甚至可以重新計算:

Hv+1=fMv+1(Xold).H_{v+1} = f_{M_{v+1}}(X_{\mathrm{old}}).

比較:

ΔH=Hv+1−Hv.\Delta H = H_{v+1}-H_v.

這是 AI-native science 的重要能力。


31. 科學結果可以被重新理解,而不需要重新做實驗

如果保存:

XrawX_{\mathrm{raw}}

與完整 provenance,未來新模型出現時:

MnewM_{\mathrm{new}}

可以重新分析:

Xold.X_{\mathrm{old}}.

所以:

raw scientific data becomes a long-lived epistemic asset.\boxed{ \text{raw scientific data becomes a long-lived epistemic asset}. }

若只保存 AI 摘要:

PAI,P_{\mathrm{AI}},

未來可能無法回復失去的信息。


32. Scientific Compression 必須可控制

資料量可能巨大:

Draw≫Dstorage.D_{\mathrm{raw}} \gg D_{\mathrm{storage}}.

因此不可能永遠保存所有 bit。

需要:

scientific compression policy.\boxed{ \text{scientific compression policy}. }

可以分:

Tier 0

不可丟失 raw evidence。

Tier 1

可無損壓縮。

Tier 2

可降採樣,但保留統計性。

Tier 3

只保留 derived product。

但任何 lossy operation:

LL

必須明確標記:

lossy=1.\boxed{ \text{lossy}=1. }

33. AI 不應偷偷做 Super-Resolution 後假裝是原圖

如果:

XSR=fAI(Xraw),X_{\mathrm{SR}} = f_{\mathrm{AI}}( X_{\mathrm{raw}} ),

則:

XSRX_{\mathrm{SR}}

必須屬於:

O5O_5

或明確 derived layer。

不得標成:

Xraw.X_{\mathrm{raw}}.

這是非常基本但未來會非常重要的科研資料原則。


34. Uncertainty Surface

任何 scientific projection 都應盡可能同時顯示:

U(x,t).U(\mathbf{x},t).

即:

Uncertainty Surface.\boxed{ \text{Uncertainty Surface}. }

例如:

  • measured confidence;
  • registration uncertainty;
  • reconstruction uncertainty;
  • model uncertainty;
  • missing-data uncertainty。

人類看到的不是只有:

這裡是紅色。

而是:

這裡的 phase-transition probability 高,但 registration uncertainty 也高。

這能避免 AI projection 過度確定化。


35. 不確定性也有來源

可分:

U={UM,UC,UR,UA,UE}.U = \{ U_M, U_C, U_R, U_A, U_E \}.

其中:

UM=measurement uncertainty,U_M = \text{measurement uncertainty}, UC=calibration uncertainty,U_C = \text{calibration uncertainty}, UR=reconstruction uncertainty,U_R = \text{reconstruction uncertainty}, UA=AI model uncertainty,U_A = \text{AI model uncertainty}, UE=epistemic uncertainty.U_E = \text{epistemic uncertainty}.

這些 uncertainty 不能全部壓成一個:

0.87.0.87.

36. Confidence Layer 不等於 Truth Layer

即使:

P(H∣X)=0.99,P(H|X)=0.99,

也只表示:

在此模型與假設下的 posterior。

不是:

H=true.H=\text{true}.

所以 projection UI 應把:

confidence\boxed{ \text{confidence} }

與:

evidence type\boxed{ \text{evidence type} }

同時呈現。


37. Scientific Drill-Down

本文提出:

Scientific Drill-Down.\boxed{ \text{Scientific Drill-Down}. }

當人類看到:

Zone X 發現 anomalous lattice feature。

可以一路點進:

  1. anomaly summary;
  2. competing interpretations;
  3. fused multimodal view;
  4. individual instrument result;
  5. reconstruction parameters;
  6. calibration;
  7. raw frame;
  8. observation-selection reason。

這使高層 AI 介面不犧牲底層可驗證性。


38. Drill-Down 也應該能跨時間

例如:

這個 defect 什麼時候第一次出現?

系統可以回放:

t0<t1<⋯<tn.t_0<t_1<\cdots<t_n.

顯示:

X(t),X(t), H(t),H(t), U(t).U(t).

甚至指出:

t3t_3 時 raw signal 已經出現,但當時模型沒有標記。

這對發現模型 blind spot 很重要。


39. Counterfactual Re-Observation

本文提出:

Counterfactual Re-Observation.\boxed{ \text{Counterfactual Re-Observation}. }

當 AI 發現:

如果當時再量另一個 wavelength,可能可以區分兩個 hypothesis。

它可以計算:

amissing.a_{\mathrm{missing}}.

若 sample 仍存在:

re-observe.\text{re-observe}.

若 sample 已消耗:

則記錄:

epistemic missing branch.\boxed{ \text{epistemic missing branch}. }

這讓研究設計能顯式表示:

我們本來還可以知道什麼,但沒有量到。


40. Observation Debt

類似 technical debt,可以定義:

DO=Observation Debt.\boxed{ D_O = \text{Observation Debt}. }

當某結論:

HH

高度依賴 inference,但缺少足夠 direct measurement 時:

DO↑.D_O\uparrow.

未來系統可排程:

debt-reducing experiments.\text{debt-reducing experiments}.

例如:

目前材料分類 confidence 很高,但只有 optical + model inference,缺少 spectroscopy confirmation。


41. Scientific Projection 不應固定只有一種

同一 evidence:

EE

可以產生不同:

PH(1),PH(2),PH(3).P_H^{(1)}, P_H^{(2)}, P_H^{(3)}.

例如:

  • spatial;
  • temporal;
  • causal;
  • uncertainty;
  • hypothesis-centric。

因此:

projection is task-dependent.\boxed{ \text{projection is task-dependent}. }

不是一個萬能 dashboard。


42. 人類問題可以重新編譯觀測世界

例如人類問:

哪裡最可能發生了 phase transition?

系統產生:

P1.P_1.

再問:

不看 AI 結論,只給我原始 evidence 最強的區域。

產生:

P2.P_2.

再問:

顯示兩個模型意見最不一致的地方。

產生:

P3.P_3.

所以:

human query→scientific projection.\boxed{ \text{human query} \rightarrow \text{scientific projection}. }

43. AI Projection 可以是 3D,但不必追求擬真

科學投影的目的不是:

look realistic.\text{look realistic}.

而是:

preserve scientifically relevant structure.\boxed{ \text{preserve scientifically relevant structure}. }

有時最好的 projection 可能是:

  • graph;
  • manifold;
  • tensor field;
  • phase space;
  • topology;
  • timeline。

所以「AI 投影」不等於 VR 世界。

它是一個 general scientific representation layer。


44. Human Perceptual Bandwidth 是瓶頸

假設 facility 每秒產生:

101210^{12}

measurement values。

人類不可能直接閱讀。

因此需要:

attention compression.\boxed{ \text{attention compression}. }

AI 必須將:

DmachineD_{\mathrm{machine}}

壓成:

DhumanD_{\mathrm{human}}

但:

Dhuman≪Dmachine.D_{\mathrm{human}} \ll D_{\mathrm{machine}}.

這個壓縮必然會丟資訊。

所以 provenance 與 drill-down 是必要補償機制。


45. Attention Routing

AI-native observation 可以管理:

human attention routing.\boxed{ \text{human attention routing}. }

事件:

eie_i

具有:

Vi=f(novelty,risk,scientific value,uncertainty).V_i = f( \text{novelty}, \text{risk}, \text{scientific value}, \text{uncertainty} ).

只有:

Vi>Vmin⁡V_i>V_{\min}

才主動打擾人類。

其餘結果:

  • archive;
  • batch summarize;
  • keep for future query。

這避免研究者被 autonomous facility 的 continuous stream 淹沒。


46. 但 Attention Routing 可能成為認識論瓶頸

如果 AI 決定:

什麼值得給人看,

AI 也可能把真正重要但自己不理解的異常過濾掉。

因此需要:

anti-filter-bubble mechanisms.\boxed{ \text{anti-filter-bubble mechanisms}. }

例如:

  • random sample review;
  • novelty review;
  • model-disagreement review;
  • raw-stream audit;
  • human-selected blind region。

這使人類仍能看到 AI 不認為重要的世界。


47. Serendipity Budget

本文提出:

BS=Serendipity Budget.\boxed{ B_S = \text{Serendipity Budget}. }

保留一部分 instrument time:

ϵT\epsilon T

不完全依現有 hypothesis 最大化。

例如:

ϵ∈[0,1].\epsilon \in [0,1].

用途:

  • random exploration;
  • unusual parameter;
  • weakly motivated region;
  • alternate representation。

這是對 AI exploitation bias 的保護。


48. 多 AI 觀測者

不同 AI 可以有不同:

πi.\pi_i.

例如:

AI-A

maximize information gain。

AI-B

search anomaly。

AI-C

challenge current hypothesis。

AI-D

protect sample。

因此:

observation policy diversity\boxed{ \text{observation policy diversity} }

可能降低單一路徑盲點。

但多 AI 一致不等於事實,這與 ANCSI-06 相同。


49. Observer Diversity

除了多 AI,也可以使用不同:

  • sensor modality;
  • instrument;
  • resolution;
  • physical principle。

若:

HH

同時被:

Xoptical,Xspectral,XstructuralX_{\mathrm{optical}}, X_{\mathrm{spectral}}, X_{\mathrm{structural}}

支持,其證據結構不同於單一模型看三次同一張圖。

因此:

modality diversity>mere model multiplicity\boxed{ \text{modality diversity} > \text{mere model multiplicity} }

在很多科研情況下更重要。


50. Cross-Instrument Contradiction 是高價值訊號

如果:

HSEM≠HAFM,H_{\mathrm{SEM}} \neq H_{\mathrm{AFM}},

這不是一定要立刻融合成一個答案。

反而可能表示:

scientific contradiction.\boxed{ \text{scientific contradiction}. }

系統應保留:

ΔH.\Delta H.

再選下一個 discriminating experiment。

不要讓 fusion model 自動把矛盾抹平。


51. Contradiction Map

本文提出:

C(x,t)=Contradiction Map.\boxed{ C(\mathbf{x},t) = \text{Contradiction Map}. }

顯示:

  • instruments disagree;
  • models disagree;
  • repeated measurements disagree;
  • calibration states disagree。

這些地方可能比「大家都同意」的地方更具有研究價值。


52. 科學投影應支援「只看分歧」

人類可以問:

把所有模型高度一致的區域隱藏,只顯示分歧。

這時:

PH=g(C(x,t)).P_H = g( C(\mathbf{x},t) ).

這是一種非常適合 AI-native research 的 interface。


53. Projection 不應隱藏 Missing Data

如果某區域沒有測量:

X=∅,X=\varnothing,

AI 不應用 plausible completion 填滿後不標示。

必須顯示:

unobserved.\boxed{ \text{unobserved}. }

即使 AI 可以生成預測:

X^,\hat X,

也要明確:

X^≠X.\hat X\neq X.

54. Missingness 本身可能不是隨機的

因為 AI 主動選觀測,missing pattern:

M(x)M(\mathbf{x})

依賴:

π.\pi.

所以:

P(M∣X)≠P(M).P(M|X)\neq P(M).

分析時必須知道:

why data is missing.\boxed{ \text{why data is missing}. }

這再次證明 observation policy 必須進 provenance。


55. 科研資料的時間同步

跨模態系統中:

tit_i

非常重要。

如果:

XA(t)X_A(t)

與:

XB(t+Δt)X_B(t+\Delta t)

被錯認為同時,就可能推導錯誤因果。

所以需要:

Common Scientific Time Layer.\boxed{ \text{Common Scientific Time Layer}. }

包含:

  • hardware timestamp;
  • clock sync;
  • latency;
  • uncertainty。

即:

t±δt.t \pm \delta t.

56. Spatial Registration 也需要誤差

例如:

xSEM\mathbf{x}_{SEM}

轉換到:

xAFM\mathbf{x}_{AFM}

的 mapping:

xAFM=R(xSEM)\mathbf{x}_{AFM} = R( \mathbf{x}_{SEM} )

具有:

ΣR.\Sigma_R.

所以 fused point 不是一個精確位置。

而是:

x±Σ.\boxed{ \mathbf{x}\pm\Sigma. }

這類 uncertainty 必須在 AI projection 中保留。


57. Data Lineage 與 Scientific Lineage 不相同

Data lineage 問:

這個檔案從哪個檔案來?

Scientific lineage 問:

這個結論依賴哪些量測、哪些假設、哪些模型與哪些選擇?

因此本文提出:

Scientific Lineage\boxed{ \text{Scientific Lineage} }

其 graph 同時包含:

  • data;
  • transformation;
  • hypothesis;
  • observation decision;
  • experiment action。

58. Hypothesis Provenance

假設:

H3H_3

由:

H1,H2,X5H_1,H_2,X_5

產生。

應記錄:

H3←{H1,H2,X5}.H_3 \leftarrow \{ H_1,H_2,X_5 \}.

如果後來:

X5X_5

被發現 calibration error:

C5=invalid,C_5=\text{invalid},

則系統可找出:

all downstream claims depending on X5.\boxed{ \text{all downstream claims depending on }X_5. }

這是 autonomous science 非常強大的 correction mechanism。


59. Provenance 可以讓科學「可修正」而不只是可審計

Nature Computational Science 2026 的評論強調 provenance 讓 autonomous scientific work 可以被 audit、re-open 並在錯誤時修正 [4]。

因此 provenance 不只是:

accountability.\text{accountability}.

它還是:

scientific error propagation control.\boxed{ \text{scientific error propagation control}. }

這點非常重要。


60. Invalidating an Upstream Node

若:

vi=invalid,v_i=\text{invalid},

則 provenance graph 可以計算:

D(vi)=descendants of vi.D(v_i) = \text{descendants of }v_i.

所有:

vj∈D(vi)v_j\in D(v_i)

進入:

needs reevaluation.\text{needs reevaluation}.

這比人工找出「哪篇報告用了錯資料」強很多。


61. Scientific Rollback

本文提出:

Scientific Rollback.\boxed{ \text{Scientific Rollback}. }

若某 calibration version:

C7C_7

被撤銷,可以重新從:

C6C_6

或:

C8C_8

計算 downstream results。

但:

historical record\text{historical record}

不被刪除。

所以 rollback 是:

new valid branch,\text{new valid branch},

不是改寫歷史。


62. Branching Scientific Interpretation

同一 raw evidence:

XX

可以有:

HA,HB.H_A, H_B.

系統不必強迫立即收斂。

可以保存:

interpretation branches.\boxed{ \text{interpretation branches}. }

每個 branch 有自己的:

  • model;
  • assumptions;
  • evidence support;
  • predictions。

然後主動找:

a∗a^\ast

區分兩者。


63. AI-Native Observation 可以把「下一個最有價值實驗」直接連到證據圖

若兩個 hypothesis:

HA,HBH_A,H_B

對 action aa 預測:

p(X∣HA,a)p(X|H_A,a)

與:

p(X∣HB,a)p(X|H_B,a)

差異很大,

則:

aa

具有高 discriminative value。

所以:

provenance graph→active experiment design.\boxed{ \text{provenance graph} \rightarrow \text{active experiment design}. }

觀測與推理真正形成閉環。


64. 但 AI 不應只優化自己最容易判斷的實驗

如果模型對某 modality:

M1M_1

特別強,可能偏向一直選:

M1.M_1.

但真相可能需要:

M2.M_2.

因此 objective 應加入:

modality coverage.\boxed{ \text{modality coverage}. }

避免:

model convenience\text{model convenience}

被誤當:

scientific value.\boxed{ \text{scientific value}. }

65. Human Challenge Mode

人類應可啟動:

Challenge Mode.\boxed{ \text{Challenge Mode}. }

例如:

假設 AI 的主要 hypothesis 是錯的,重新選一組最有價值的 measurement。

或者:

禁止使用目前 classification model,重新分析 raw evidence。

這讓 human skepticism 成為正式工具。


66. AI Challenge Mode

反過來 AI 也可以:

目前人類研究者偏好 hypothesis A,但 evidence 對 B 仍有支持。

並建議:

achallenge.a_{\mathrm{challenge}}.

所以:

human-AI science\boxed{ \text{human-AI science} }

不應只有 AI 服從人類既定 interpretation。

而是共同接受 evidence 約束。


67. Observation Interface 不應只有答案

好的介面至少同時呈現:

{claim,evidence,uncertainty,alternatives,missing evidence}.\{ \text{claim}, \text{evidence}, \text{uncertainty}, \text{alternatives}, \text{missing evidence} \}.

例如:

Candidate transition detected

Support:
  STEM: strong
  spectroscopy: moderate
  thermal: weak

Uncertainty:
  registration ± 14 nm

Competing explanation:
  local contamination

Best next measurement:
  repeat spectroscopy at region B

這比:

AI says transition detected.

有科學價值得多。


68. Scientific Projection 是研究工作空間,不是報告生成器

AI-native projection 應讓人:

  • move;
  • compare;
  • branch;
  • zoom;
  • rewind;
  • request evidence;
  • launch re-observation。

所以:

projection=interactive epistemic workspace.\boxed{ \text{projection} = \text{interactive epistemic workspace}. }

不是靜態 summary PDF。


69. 人類不再需要知道每台儀器軟體怎麼操作

若:

I1,I2,…,InI_1,I_2,\ldots,I_n

都有不同 proprietary UI,

AI 可以提供:

Scientific Intent Interface.\boxed{ \text{Scientific Intent Interface}. }

人類說:

把這個 defect 和之前三批材料的譜線變化對齊。

系統自己:

  1. 找資料;
  2. 取 coordinate;
  3. 選 transformation;
  4. 建 projection;
  5. 標 provenance。

這會把人的負擔從:

software manipulation\text{software manipulation}

轉向:

scientific question.\text{scientific question}.

70. 但儀器原生介面仍需保留

若高階 AI interface 故障:

IAI=0,I_{\mathrm{AI}}=0,

專家仍需能進:

instrument-native mode.\boxed{ \text{instrument-native mode}. }

用於:

  • calibration;
  • debugging;
  • certification;
  • model validation。

所以 AI interface 是:

higher abstraction,\text{higher abstraction},

不是刪除低層接口。


71. 人類對 raw data 的權利不應被 AI 層封鎖

本文提出一條科研治理原則:

authorized human investigators retain drill-down access to raw evidence.\boxed{ \text{authorized human investigators retain drill-down access to raw evidence}. }

可能受:

  • privacy;
  • safety;
  • national-security;
  • proprietary;

限制。

但限制來源應清楚標示。

不能只是:

AI 系統不提供。


72. 科研投影也可以服務機器,而不只人

Robot 可以使用:

RM=machine projection.R_M = \text{machine projection}.

例如:

  • collision field;
  • thermal hazard;
  • manipulation affordance;
  • sample map。

所以同一 evidence graph 可以產生:

PHP_H

給人,

與:

PMP_M

給機器。

這是:

multi-audience scientific representation.\boxed{ \text{multi-audience scientific representation}. }

73. 同一真實世界可以有不同 Interface Projection,但不能有不同 Evidence History

可以:

PH≠PM.P_H\neq P_M.

但:

EhistoryE_{\mathrm{history}}

應共享。

因此:

representation may differ; provenance must converge.\boxed{ \text{representation may differ; provenance must converge}. }

74. Safety Observation 與 Scientific Observation 必須互相可見但不可混淆

例如:

O2O_2

偵測 sample anomaly,

同時 safety system 偵測:

T>Tmax⁡.T>T_{\max}.

Scientific AI 可能想繼續量:

Δt=5s.\Delta t=5s.

Safety layer 仍可以:

abort.\boxed{ \text{abort}. }

所以 ANCSI-06 的 authority architecture 對 observation 仍然成立。


75. Scientific Importance 不能覆寫 Safety

即使:

Igain→∞,I_{\mathrm{gain}}\rightarrow\infty,

若:

a∉Asafe,a\notin \mathcal{A}_{\mathrm{safe}},

則:

aa

不可執行。

因此:

epistemic value≯hard safety constraints.\boxed{ \text{epistemic value} \not> \text{hard safety constraints}. }

76. Observation Latency 也是系統參數

對快速現象:

τphenomenon\tau_{\mathrm{phenomenon}}

如果:

τanalysis>τphenomenon,\tau_{\mathrm{analysis}} > \tau_{\mathrm{phenomenon}},

AI closed loop 沒有意義。

所以 smart observation 需要:

edge analysis.\boxed{ \text{edge analysis}. }

把部分 AI 推理靠近 instrument。

這也是 ANCSI 中 local AI 的另一種形式。


77. Hierarchical Observation Compute

可以分:

L0=instrument FPGA / real-time control,L_0 = \text{instrument FPGA / real-time control}, L1=edge inference,L_1 = \text{edge inference}, L2=site AI,L_2 = \text{site AI}, L3=cloud scientific reasoning.L_3 = \text{cloud scientific reasoning}.

快速 decision:

τ↓\tau\downarrow

越靠近:

L0,L1.L_0,L_1.

複雜 scientific synthesis:

τ↑\tau\uparrow

可以在:

L2,L3.L_2,L_3.

這與 ANCSI-06 的時間尺度—權限對齊完全一致。


78. Observation Compute 本身也可能影響實驗

如果 real-time AI 需要:

PAIP_{\mathrm{AI}}

大量算力,

可能產生:

  • heat;
  • latency;
  • network congestion。

因此觀測 architecture 也需要:

compute-aware sensing.\boxed{ \text{compute-aware sensing}. }

不是把所有 raw data 無條件送雲端。


79. Edge Filtering 也可能丟失科學資訊

如果 instrument edge AI 在資料離開儀器前就決定:

Xdiscard,X_{\mathrm{discard}},

之後可能永遠無法恢復。

所以 edge filtering policy:

FeF_e

本身需要 provenance。

尤其:

discard decision\boxed{ \text{discard decision} }

是重要科學事件。


80. Deferred Raw Retention

可以採:

temporary raw buffer.\boxed{ \text{temporary raw buffer}. }

例如 raw data 先保留:

τB.\tau_B.

AI 初步分析後,如果發現:

Vscientific↑,V_{\mathrm{scientific}}\uparrow,

延長保存。

若無價值,再根據 policy 壓縮/刪除。

這比 acquisition 當下立即丟失更安全。


81. Data Temperature

資料本身也可以有:

retention temperature.\boxed{ \text{retention temperature}. }

不是物理溫度。

而是:

Hot Data

剛取得、可能需要重新分析。

Warm Data

已初步驗證。

Cold Archive

長期保存。

Derived-Only

raw 依 policy 已無法保留。

這是一個 storage-tier abstraction。


82. Scientific Evidence Priority

對資料 did_i:

Pi=f(irreproducibility,cost,novelty,uniqueness,downstream dependency).P_i = f( \text{irreproducibility}, \text{cost}, \text{novelty}, \text{uniqueness}, \text{downstream dependency} ).

例如一次性 rare event:

Pi↑.P_i\uparrow.

容易重做的 routine calibration:

Pi↓.P_i\downarrow.

所以 storage policy 應基於 scientific value,而不只檔案大小。


83. Irreproducible Events 應最高優先保存

如果:

P(repeat event)≈0,P(\text{repeat event})\approx0,

則:

raw retention priority↑.\boxed{ \text{raw retention priority}\uparrow. }

例如:

  • destructive experiment;
  • astronomical transient;
  • rare failure;
  • unique material event。

AI-native system 應能即時辨識此類事件並升級 storage policy。


84. 科學觀測也應能被 Audit

Audit 問題包括:

  • AI 為什麼選這個 region?
  • 哪些資料被 discard?
  • 哪一版 calibration?
  • 哪一版 model?
  • 哪一個 reconstruction?
  • 哪些 uncertainty 被忽略?
  • 人類修改了什麼?

因此:

observation itself is auditable computation.\boxed{ \text{observation itself is auditable computation}. }

85. Reproducibility 與 Repeatability

AI-native science 要區分:

repeatability\text{repeatability}

與:

reproducibility.\text{reproducibility}.

Repeatability:

同一 setup 重跑是否得到相似結果?

Reproducibility:

另一系統使用完整方法與資料是否能重新得到主要結論?

Observation provenance 同時支援兩者。


86. Observation Replay

如果所有 actuator、instrument settings 與 measurement 都被保存,可以建立:

Observation Replay.\boxed{ \text{Observation Replay}. }

對 digital twin 或 simulation:

S0→a1→X1→a2→X2→⋯ .S_0 \rightarrow a_1 \rightarrow X_1 \rightarrow a_2 \rightarrow X_2 \rightarrow\cdots.

這能檢查:

AI 當時的決策是否合理?

但 replay simulation 仍不能取代真實 repeat experiment。


87. 科學投影也需要版本控制

若:

P(1)P^{(1)}

與:

P(2)P^{(2)}

使用不同 model / transform,

系統應保存:

ΔP.\Delta P.

人類可以問:

為什麼新版 projection 不再顯示那個 anomaly?

系統回:

  • model changed;
  • calibration corrected;
  • registration shifted;
  • threshold changed。

這就是:

versioned epistemic interface.\boxed{ \text{versioned epistemic interface}. }

88. AI 生成文字也只是 Projection Layer

LLM 摘要:

本次實驗顯示 A 優於 B。

這只是:

Ptext.P_{\mathrm{text}}.

不能自動提升為:

scientific fact.\text{scientific fact}.

它必須連:

Ptext→H→E.P_{\mathrm{text}} \rightarrow H \rightarrow E.

所以在 ANCSI 中,文字生成和 3D 投影一樣,都只是 scientific projection。


89. 科研對話應該能引用 Evidence Node

未來人類可以問 AI:

為什麼你認為這裡有 phase transition?

AI 回答不只文字。

而提供:

{v17,v21,v43}\{v_{17},v_{21},v_{43}\}

即 provenance graph 的 evidence nodes。

這是:

evidence-addressable scientific conversation.\boxed{ \text{evidence-addressable scientific conversation}. }

90. Citation 不應只指向論文,也應指向實驗內部證據

未來 autonomous facility 的 citation 可以同時包含:

  • literature citation;
  • experiment ID;
  • sample ID;
  • raw data node;
  • calibration node;
  • model node;
  • observation event。

因此:

scientific citation expands into executable provenance.\boxed{ \text{scientific citation expands into executable provenance}. }

91. 可證偽命題

H1 — Reversible Projection Hypothesis

如果 AI scientific projection 保留完整 drill-down path:

P→E,P \rightarrow E,

則人類研究者可以在較低 cognitive load 下取得高層理解,而不顯著降低 auditability。


H2 — Active Observation Hypothesis

對 instrument-time constrained experiment,AI active observation:

πactive\pi_{\mathrm{active}}

可在相同 observation budget 下取得高於固定 scanning policy 的:

Igain.I_{\mathrm{gain}}.

H3 — Observation-Provenance Hypothesis

將 observation policy、instrument state、calibration 與 model version 納入 provenance,可降低 autonomous experimentation 中不可重建的 scientific claim 比例。


H4 — Multimodal Projection Hypothesis

對需要多種儀器共同判斷的科研問題:

registered multimodal projection\text{registered multimodal projection}

可降低 human analysis time,同時保持 evidence traceability。


H5 — Uncertainty-Surface Hypothesis

在人機科研判斷中,顯式顯示:

U(x,t)U(\mathbf{x},t)

可降低對 AI inference 的過度確信。


H6 — Contradiction-Preservation Hypothesis

保留 cross-model / cross-instrument contradiction,而不是強制融合為單一答案,可增加後續 discriminating experiment 的 scientific value。


H7 — Serendipity-Budget Hypothesis

對高度 exploitation-oriented active-observation system,保留:

ϵ>0\epsilon>0

的 exploration / serendipity budget,可降低長期 blind spot。


H8 — Scientific Drill-Down Hypothesis

如果 high-level AI claim 可在有限步驟內回到:

Xraw,X_{\mathrm{raw}},

研究者對 autonomous result 的 correction capability 高於只有 summary output 的系統。


92. 反例與失敗條件

92.1 Raw Data 無法實際保存

若:

DrawD_{\mathrm{raw}}

遠超 storage capability,完整 reversible projection 可能無法成立。

此時必須明確定義 retention policy。


92.2 Reconstruction 不唯一

若 inverse problem 存在:

XR(1)≠XR(2)X_R^{(1)} \neq X_R^{(2)}

但兩者都符合 raw signal,

projection 必須保留多解。


92.3 Multimodal Registration 誤差過大

如果:

URU_R

大到超過科學特徵尺度,fusion 沒有意義。


92.4 AI Observation Policy 過度偏置

如果:

π\pi

長期只看自己容易判斷的區域,scientific discovery 可能變窄。


92.5 Human Interface 過度壓縮

如果 projection 丟失:

critical anomaly,\text{critical anomaly},

則高層介面反而危險。


92.6 Model Confidence 未校準

若:

pAIp_{\mathrm{AI}}

沒有 calibration,uncertainty surface 可能製造假精確。


92.7 Provenance 成本過高

如果每個事件保存所有 state:

CprovenanceC_{\mathrm{provenance}}

可能不可接受。

需要分層與壓縮。


93. 第一代原型:單儀器 Reversible Stack

先不要做 multi-instrument。

建立:

Microscope→Raw→Calibration→Reconstruction→AI→Projection.\text{Microscope} \rightarrow \text{Raw} \rightarrow \text{Calibration} \rightarrow \text{Reconstruction} \rightarrow \text{AI} \rightarrow \text{Projection}.

要求每個 high-level label:

LiL_i

都能回到:

Xraw.X_{\mathrm{raw}}.

測量:

τdrill−down,\tau_{\mathrm{drill-down}}, Cstorage,C_{\mathrm{storage}}, Rreconstruction.R_{\mathrm{reconstruction}}.

94. 第二代:Active Observation

加入:

πactive.\pi_{\mathrm{active}}.

比較:

Baseline

fixed scan。

AI Policy

adaptive scan。

控制:

BOB_O

相同。

比較:

Igain,I_{\mathrm{gain}}, Dsample,D_{\mathrm{sample}}, Tinstrument.T_{\mathrm{instrument}}.

95. 第三代:Multi-Modal Fusion

加入:

I1,I2,I3.I_1,I_2,I_3.

建立:

CS.\mathcal{C}_S.

要求:

  • coordinate uncertainty;
  • time uncertainty;
  • calibration lineage。

測試:

human scientific task time\text{human scientific task time}

是否下降。


96. 第四代:Multi-AI Observation

建立:

πA,πB,πC.\pi_A,\pi_B,\pi_C.

分別:

  • exploit;
  • challenge;
  • novelty search。

觀察:

coverage,\text{coverage}, contradiction,\text{contradiction}, novel discovery.\text{novel discovery}.

97. 第五代:Facility-Scale Observation

把:

OfacilityO_{\mathrm{facility}}

與:

OscienceO_{\mathrm{science}}

接到共同時間層。

測試:

能否找到 environmental state 與 scientific anomaly 的跨尺度關係?

這才真正接回:

Machine-Native Scientific Habitat.\boxed{ \text{Machine-Native Scientific Habitat}. }

98. 評估指標

98.1 Provenance Completeness

PC=Nclaims with complete evidence pathNclaims.P_C = \frac{N_{\mathrm{claims\ with\ complete\ evidence\ path}}} {N_{\mathrm{claims}}}.

98.2 Raw Recoverability

RR=Nhigh−level results drillable to rawNhigh−level results.R_R = \frac{N_{\mathrm{high-level\ results\ drillable\ to\ raw}}} {N_{\mathrm{high-level\ results}}}.

98.3 Observation Efficiency

ηO=IgainBO.\eta_O = \frac{I_{\mathrm{gain}}} {B_O}.

98.4 Scientific Compression Ratio

CS=DrawDhuman−facing.C_S = \frac{D_{\mathrm{raw}}} {D_{\mathrm{human-facing}}}.

但:

CSC_S

越高不一定越好。


98.5 Contradiction Retention

RC=Nmeaningful contradictions preservedNdetected contradictions.R_C = \frac{N_{\mathrm{meaningful\ contradictions\ preserved}}} {N_{\mathrm{detected\ contradictions}}}.

98.6 Missingness Transparency

MT=Nunobserved regions explicitly markedNunobserved regions.M_T = \frac{N_{\mathrm{unobserved\ regions\ explicitly\ marked}}} {N_{\mathrm{unobserved\ regions}}}.

98.7 Model-Dependency Traceability

TM=Nclaims linked to exact model versionNAI claims.T_M = \frac{N_{\mathrm{claims\ linked\ to\ exact\ model\ version}}} {N_{\mathrm{AI\ claims}}}.

98.8 Human Scientific Task Time

τH=time to complete a defined scientific judgment.\tau_H = \text{time to complete a defined scientific judgment}.

比較:

τH,traditional\tau_{H,\mathrm{traditional}}

與:

τH,AI−native.\tau_{H,\mathrm{AI-native}}.

98.9 Correction Time

若 upstream evidence 被 invalidated:

τC=time to identify affected downstream claims.\tau_C = \text{time to identify affected downstream claims}.

98.10 Observation Bias

比較:

pobserved(x)p_{\mathrm{observed}}(x)

與目標母體:

ptarget(x).p_{\mathrm{target}}(x).

99. Safety and Epistemic Principles

Principle 1 — Raw Is Not Derived

Xraw≠Xderived.X_{\mathrm{raw}} \neq X_{\mathrm{derived}}.

Principle 2 — Inference Is Not Measurement

I≠M.I \neq M.

Principle 3 — Projection Must Be Traceable

P→E.P \rightarrow E.

Principle 4 — Selection Is Part of Provenance

π\pi

必須保存。


Principle 5 — Missing Data Must Remain Visible

X^≠X.\hat X \neq X.

Principle 6 — Uncertainty Travels With Data

每一次 transformation:

Xi→Xi+1X_i \rightarrow X_{i+1}

也應更新:

Ui→Ui+1.U_i \rightarrow U_{i+1}.

Principle 7 — Contradiction Is Evidence

不要強迫:

HA=HB.H_A=H_B.

Principle 8 — Human Abstraction Must Preserve Drill-Down

壓縮不能變成:

epistemic lock-in.\text{epistemic lock-in}.

Principle 9 — Active Observation Needs Exploration

ϵ>0.\epsilon>0.

Principle 10 — Safety Can Terminate Observation

IgainI_{\mathrm{gain}}

不能覆寫:

Asafe.\mathcal{A}_{\mathrm{safe}}.

100. 與 ANCSI-07 的關係

ANCSI-07 問:

如果人不在實驗室裡,物理科研怎麼運作?

ANCSI-08 回答:

人可以透過 AI-native observation stack 持續理解、審核與探索那個物理科研世界。

因此:

physical absence≠epistemic absence.\boxed{ \text{physical absence} \neq \text{epistemic absence}. }

人類可以不站在 microscope 旁。

但仍能:

  • 看;
  • 問;
  • 質疑;
  • drill down;
  • 要求 re-observation;
  • 改變 scientific goal。

101. 與 ANCSI-09 的銜接

前八篇現在已經建立:

physical habitat,\text{physical habitat}, thermal field,\text{thermal field}, compute-thermal coupling,\text{compute-thermal coupling}, pipe field,\text{pipe field}, energy cascade,\text{energy cascade}, distributed governance,\text{distributed governance}, machine-native scientific zone,\text{machine-native scientific zone}, AI-native observation.\text{AI-native observation}.

因此最後 ANCSI-09 可以正式提出:

Autonomous Scientific Habitat Conjecture.\boxed{ \text{Autonomous Scientific Habitat Conjecture}. }

並統合:

  • architectural proposition;
  • necessary conditions;
  • falsification conditions;
  • staged research program;
  • competing architectures;
  • boundary of claim。

102. 結論

本文提出 ANCSI 的第八個核心命題:

未來科學觀測的主要人類介面,不一定是儀器本身,而可能是 AI 生成、但可逆且可追溯的科學投影。\boxed{ \text{未來科學觀測的主要人類介面,不一定是儀器本身,而可能是 AI 生成、但可逆且可追溯的科學投影。} }

這個命題不是說:

AI 看完,人類相信摘要就好。

恰恰相反。

AI 原生觀測若要比今天的儀器介面更可信,必須比今天保留更多:

provenance.\boxed{ \text{provenance}. }

完整鏈條應是:

Physical World↓Raw Measurement↓Calibration↓Reconstruction↓Multimodal Registration↓AI Inference↓Scientific Projection↓Human / AI Scientific Interaction\boxed{ \begin{aligned} &\text{Physical World}\\ &\downarrow\\ &\text{Raw Measurement}\\ &\downarrow\\ &\text{Calibration}\\ &\downarrow\\ &\text{Reconstruction}\\ &\downarrow\\ &\text{Multimodal Registration}\\ &\downarrow\\ &\text{AI Inference}\\ &\downarrow\\ &\text{Scientific Projection}\\ &\downarrow\\ &\text{Human / AI Scientific Interaction} \end{aligned} }

而且所有箭頭都必須留下:

  • transformation;
  • parameters;
  • model;
  • uncertainty;
  • time;
  • actor;
  • selection policy。

2026 年 smart microscopy 已經把 real-time analysis、feedback control 與 automated actuation 結合為新的 microscope paradigm [1]。

同年的 thinking microscopes 討論 agentic AI 如何讓電子顯微鏡進入 iterative experimental reasoning [2]。

agentic X-ray scientist 則已經實際展示 LLM agent 在同步輻射 beamline 上規劃、執行、解讀並迭代 instrument actions [3]。

同時,自主科學的 provenance 論述已明確指出:

科學可信任不應只寄託於模型內部可解釋性,而需要完整、可重新開啟與可修正的 evidence record [4]。

因此 AI-native observation 真正值得追求的並不是:

AI replaces human seeing.\text{AI replaces human seeing}.

而是:

AI expands the observable scientific world while preserving the path back to evidence.\boxed{ \text{AI expands the observable scientific world while preserving the path back to evidence}. }

如果這個命題成立,未來研究員面對的就不再是:

顯微鏡 A 的 UI、光譜儀 B 的 UI、AFM C 的 UI、資料夾 D、Python notebook E。

而會逐漸變成:

一個可以沿不同尺度、不同 modality、不同 hypothesis 與不同時間自由探索的 scientific world interface。

人類可以問:

哪裡最奇怪?

哪些模型彼此不同意?

哪一個結論最依賴 AI inference?

哪些區域其實從沒量過?

回到 raw frame。

用另一個 calibration 重算。

如果 hypothesis B 才是真的,下一個最有價值的觀測是什麼?

而 AI 不只是回答。

它還能在授權範圍內:

go and look again.\boxed{ \text{go and look again}. }

這才是本文所稱:

AI-Native Observation.\boxed{ \textbf{AI-Native Observation}. }

參考文獻

[1] Rates, A., Passmore, J. B., Norlin, N., et al. (2026). Smart microscopy: adaptive microscope control to improve the way we see life. npj Imaging, 4, 14.
https://doi.org/10.1038/s44303-026-00145-y

[2] Jamali, V., Aghazadeh, A., & Kacher, J. (2026). Thinking microscopes: agentic AI and the future of electron microscopy. npj Computational Materials, 12, 149.
https://doi.org/10.1038/s41524-026-02077-y

[3] Chen, Z., Petsch, A. N., Israelski, A. J., et al. (2026). An agentic artificially intelligent X-ray scientist. Nature Machine Intelligence, 8, 1075–1086.
https://doi.org/10.1038/s42256-026-01261-5

[4] MacKnight, R., Novitskiy, I. M., Radadiya, R., et al. (2026). Provenance grounds trust in autonomous science. Nature Computational Science, 6, 804–807.
https://doi.org/10.1038/s43588-026-01035-4

[5] Canty, R. B., & Abolhasani, M. (2026). The past, present and future of self-driving laboratories. Nature Reviews Chemistry, 10, 523–537.
https://doi.org/10.1038/s41570-026-00847-2

[6] Wilkinson, M. D., Dumontier, M., Aalbersberg, I. J., et al. (2016). The FAIR Guiding Principles for scientific data management and stewardship. Scientific Data, 3, 160018.
https://doi.org/10.1038/sdata.2016.18

[7] National Institute of Standards and Technology. Data Integrity and Provenance-related resources.
https://www.nist.gov/

[8] Oak Ridge National Laboratory. (2026). Autonomous Science.
https://www.ornl.gov/autonomousscience

[9] Oak Ridge National Laboratory. (2026). AI powers self-driving science.
https://www.ornl.gov/news/ai-powers-self-driving-science

[10] Moran, C. H. J., Xu, J., & Abolhasani, M. (2026). The rise of robotics in self-driving labs. npj Robotics, 4, 29.
https://doi.org/10.1038/s44182-026-00094-z

[11] Kusne, A. G., & McDannald, A. (2026). Managing autonomous materials labs with multi-agent AI and its implications for the science of science. Communications Materials, 7, 173.
https://doi.org/10.1038/s43246-026-01219-5

[12] Nature Computational Science. (2026). Responsible and transparent use of AI in scientific publishing. Editorial, 20 August 2026.
https://www.nature.com/natcomputsci


文件狀態

本文為 ANCSI 系列第八篇公開命題稿 v0.1。

本文所有數學原始碼僅使用 $...$ 與 $$...$$ 作為 canonical delimiter。本文不依賴作者其他私人理論;AI-Native Observation Stack、Reversible Scientific Projection、Evidence Ladder、Observation Provenance Graph、Observation Budget、Serendipity Budget、Contradiction Map、Observation Debt、Scientific Rollback 與 Evidence-Addressable Scientific Conversation 均屬由現有 smart microscopy、agentic scientific instruments、self-driving laboratories、scientific provenance 與 multimodal data systems 向前推導之待驗證工程命題。

本文不主張 AI interpretation 等同原始科學觀測;相反,本文將 measurement、reconstruction、derived quantity、AI inference、hypothesis 與 human-facing projection 嚴格區分,並將可回溯至原始 evidence 視為 AI-native scientific observation 的基本要求。